Employée, dès le début du XVIIe siècle, avec le sens d'"échapper à un danger pour tomber dans un autre plus grave", l'expression remonte à la légende grecque de l'Odyssée : le gouffre de Charybde et ses violents remous sont voisins des roches de Scylla, dans le détroit de Messine. Pour éviter le gouffre, les navires risquent de s'échouer sur les roches. La forme "tomber de... en..." est contraire à l'interprétation originelle, mais les mots savants "Charybde" et "Scylla" rendaient nécessaires un verbe véhiculant le sens général de la locution.