L'origine de ce fromage né dans les Flandres est partagée entre les Pays-Bas et la France.
Les plus importantes caves de vieillissement sont situées à Lille, d'où son deuxième nom, "boule de Lille".
C'est sans doute au XVIIe siècle, lorsque le ministre Colbert interdit l'importation de produits à l'étranger, que fut élaborée la mimolette.
Initialement la teinte jaune orangé de la pâte provenait d'une plante mexicaine, le rocou ; aujourd'hui c'est le carotène qui est utilisé.
La période d'affinage peut aller jusqu'à deux ans.
Les affineurs frappent régulioèrement les boules avec un maillet en bois pour traquer d'éventuels défauts et brossent régulièrement la croûte rugueuse de couleur ocre ou grise.
La mimolette hollandaise est teintée de rouge et recouverte de paraffine pour l'exportation.
L'explication en est historique : les fromages étaient destinés à voyager par mer.
Les Hollandais importaient du vin, et pour arrimer correctement le chargement des fûts vides au retour, ils calaient à l'intérieur les fromages.
Pendant la traversée, ceux-ci s'enduisaient des restes de lies rougeâtres au fond des tonneaux, et c'est ainsi que les clients les connaissaient et l'appréciaient.
Lorsque ce mode de transport fut abandonné, les fromages à la croûte grise et rugueuse ne trouvèrent plus preneurs.
Il fallut donc les colorer ; la paraffine empêchait le dessèchement et la perte de poids.
Parmi ses amateurs, le général de Gaulle : c'était le fromage de son enfance, et il lui est toujours resté fidèle.